Az 1664-es téli hadjárat idején a keresztény csapatok Pécset is ostrom alá vették. A város elesett, azonban a központi erődítmény a katonák fegyelmének lazulása miatt a vártnál tovább kitartott. A hadjáraton résztvevő Esterházy Pál gróf ennek egyik okát igen szabatosan fogalmazta meg: „a lerészegedett hajdúk s velük együtt a muskétások is (...) állatok módjára henteregtek a borban.” (Eszterházy Pál: Mars Hungaricus. 144. o. Ford.: Iványi Emma) A hajdúk megkülönböztetése a muskétásoktól nem véletlen. Amilyen szerepet a kor huszársága töltött be a lovasságon belül, ahhoz nagyon hasonló volt a hajdúk gyalogságon belül elfoglalt szerepe.
Ennek a sajátos katonáskodó rétegnek a kialakulása vitatott. A régebbi történeti munkák szerint a hajdúk eredetileg a 15-16. század fordulójának marhahajcsárai, akik a szarvasmarha–állomány eladásra szánt részét gyalogosan(!) a külföldi vásárokba hajtották (pl. Bécsbe és a dél-német területekre). Egyszerre voltak szívós, kemény, fegyverforgatáshoz is értő férfiak és álltak bajkeverők hírében is. Az újabb kutatások szerint a kép ennél jóval vegyesebb: feltehetően az oszmán terjeszkedés következtében elpusztult országrészek társadalmának megélhetését elveszítő, illetve nincstelenné váló férfijai adták ennek a katonáskodó rétegnek az alapját.
Tevékenységük kezdetben inkább állt megélhetési bűnözésből, semmint katonáskodásból. Nem véletlen, hogy több olyan rendelkezés is született, ami a hajdúk üldözését írta elő, illetve megölésüket a törvény egyáltalán nem büntette. Tevékenységük közben azonban olyan készségekre tettek szert, amik egy-egy hadsereg számára elősegíthették a kitűzött célok elérését. Leginkább a felderítésben, hírszerzésben, lesállások kialakításában jeleskedtek, továbbá hely- és nyelvismeretüknek köszönhetően el tudtak vegyülni a helyi lakosság között. Nem csoda tehát, ha katonai parancsnokok, erdélyi fejedelmek (pl. Bocskai István vagy Bethlen Gábor), sőt a Zrínyi Miklós és Wolfgang Julius Hohenlohe vezette téli hadjáratban részvevő főurak egyaránt szívesen szerződtették őket zsoldosként, hiszen megfelelő vezetés mellett kiváló könnyűgyalogosnak bizonyultak.
Fegyverzetük, felszerelésük idomult a szerepükhöz; ezért nyílt mezei összecsapások megvívására nem voltak ideálisak. A zárt csatarend helyett „A hajdúk kétkezes közelharc- „stílusa” (...) meglehetősen helyigényes volt. A jobb kézben a szablya, a balban a fokos vagy a könnyű kisbalta. Ez a fegyverzet és harcmodor széles mozdulatokat és intenzív mozgást igényelt, aminek egyenes következménye volt a zárt rend gyors felbomlása.” (Kelenik József: A hajdúk. Nagy Képes Milleniumi Hadtörténet. 129. o.) Az idézetben említett eszközökön kívül a 16. század második felére a felszerelésük rövid csövű muskétával is kiegészült. (Megjegyzendő, hogy az említett jellemzők magukon viselik az aszimmetrikus hadviselés néhány jellegzetességét is, de ezzel külön bejegyzésben foglalkozunk.)
Harcmodoruk mellett a hajdúk életmódjukat, szokásaikat tekintve is elkülönültek a reguláris gyalogságtól. Saját dalaik, illetve táncuk is volt – utóbbit a táborba szálló nemesek is nem egyszer eltanulták, mint például a már említett Esterházy Pál. „Azon gyűlésben Leopoldina császárné magyar táncot kévánt látni, engem azért fölvitetvén az várban, ott köllött táncolnom az magyarországi kisasszonyokkal az császár és császárné előtt. (...) Annakutána két mezételen karddal köllött a hajdutáncot járnom, kinek igen mestere voltam akkor.” (Esterházy Pál: Visszaemlékezés. 312. o. Ford.: Iványi Emma)
A hajdúk nem csak a Kárpát-medencében voltak kelendőek. Zsoldosként nem egyszer harcoltak Báthori István kíséretében Lengyelországban, lengyel hetmanok és havasalföldi fejedelmek oldalán, sőt a 18. század elején a spanyol örökösödési háborúban is vetettek be hajdúezredeket.
Gyalogos hajdú a 17. századból (rekonstrukció)