Az első világháború utolsó napjaiban az uralkodó IV. (I.) Károly a haditengerészet részét képező császári és királyi Duna-flottillát Magyarországnak adta. 1918 november elején a Wulff Olaf parancsnoksága alatt álló flottilla megérkezett Budapestre. A legkorszerőbb hajókat a britek már 1918 végén, a többit 1919 végén a szerb vonalak mögé vitték. 1920-ban megtörtént a flottilla felosztása, a nagy harcértéket képviselő monitorokat a Szerb-Horvát-Szlovén Királyság és Románia kapta. A trianoni békeszerződés ugyan tiltotta Magyarország számára a hadihajózást, de folyamrendészeti célokra átadásra került néhány őrnaszád.
A magyar hadihajózást Wulff Olaf szervezte újjá. A tiltások miatt az 1921. március 1-jén létrejött magyar királyi Folyamőrség a Belügyminisztérium alá tartozott, és névleg folyamrendészeti feladatokat látott el, valójában azonban a rejtett haderő része volt. A Folyamőrség hajóállományának a magvát öt darab, az első világháború idején épített 140 tonnás, két ágyúval felfegyverzett őrnaszád (SZEGED, KECSKEMÉT, DEBRECEN, GYŐR, SOPRON) képezte. Az 1930-as években születtek ugyan tervek a Folyamőrség jelentős fejlesztésére, pénz hiányában azonban ebből kevés valósult meg.
Az első bécsi döntést (1938. november 2.) követően a Folyamőrség biztosította november 5-én a Felvidék Magyarországhoz visszacsatolt részére bevonuló magyar csapatok dunai átkelését Medvénél. Eközben az egyik őrnaszád majdnem harcba került a helyszínen megjelenő cseh hadihajóval. 1939. január 15-ével véget ért a rejtés időszaka, és magyar királyi Honvéd Folyamerők néven a hadihajózás hivatalosan a haderő részévé vált. 1940-ben állománya a PM 1 jelű páncélos motorcsónakkal bővült, valamint megkezdték az aknász motorcsónakok (AM) gyártását.
1941. április 6-án Németország megtámadta Jugoszláviát. Egy esetleges jugoszláv támadástól tartva a Folyamerők ezen a napon megkezdték a folyamzárak (aknazárak) telepítését a Dunán és a Tiszán, miközben a hadiegységek nagy része Bajára települt. Miután április 10-én a Független Horvát Állam proklamálta önállóságát, a magyar támadás nemzetközi jogi feltételei megteremtődtek. Magyarország másnap megkezdte a hadműveleteket. A Honvéd Folyamerők április 12-én lépték át a határt, és aznap Bezdánig jutottak. A jugoszláv aknazárak megnyitása után 14-én érték el Újvidéket, majd április 16-án harc nélkül befutottak Belgrádba. Ezt követően kezdődött meg a felderített aknazárak teljes felszedése. A megszállás ellen már 1941 nyarán megkezdődöt az ellenállás a szerb csetnikek és a Tito vezette partizánok részéről. 1941. szeptember-november során a Folyamerők mind a Száván, mind a Dunán számos alkalommal tűzharcot folytattak a partizánokkal. 1942 májusától decemberéig a folyamerők biztosítást végeztek a Duna belgrádi szakaszán és a Száván. 1943-ban a Folyamerők semmilyen hadműveletben nem vettek részt.
1944. március 19-én német csapatok szállták meg Magyarországot. A megszállással szemben a folyamerők Újvidéken tartózkodó alakulatai ellenállást tanúsítottak. A hajnali órákban a németek elfoglalták a városban álló SOPRON őrnaszádot. A megszállás hírére 2. folyamzár zászlóalj a laktanyájában felkészült a felvonuló németekkel szembeni harcra. Végül estére megérkezett a parancs a Folyamerők főparancsnokságáról az ellenállás beszüntetésére.
A német megszállást követően az amerikaiak és a britek megkezdték Magyarország bombázását. Miután a németek a román olajmezőkről az olaj nagy részét a Dunán uszályokkal szállították, a brit Királyi Légierő (RAF) bombázói mintegy 1200 indukciós aknát dobtak le 1944-ben a dunai hajózóútra. Ezeken 99 hajó és uszály semmisült meg. Az indukciós aknák hatástalanításában a Folyamerők nem tudott részt venni, mivel nem volt meg hozzá a megfelelő felszereltsége, és a németek nem adták át a szükséges információkat.
A románok 1944. augusztus 23-i kiugrását követően megkezdődött a magyar kiugrási kísérlet szervezése. Október elején Faragho Gábor tábornok vezetésével egy küldöttség Moszkvába utazott, ahol október 11-én aláírták a Szovjetunióval az előzetese fegyverszüneti megállapodást. A németek azonban tudtak az előkészületekről, és felkészültek a magyar kiugrási kísérletre. Hardy Kálmán vezérfőkapitány, a Folyamerők parancsnoka, aki Horthy kormányzó belső köreihez tartozott, már szeptember 27-én megkezdte a szervezését az alárenelt alakulatok Budapestre vezénylésének, hogy a kiugrás bejelentésekor megvédjék a kormányzót. A Bácskában harcoló alakulatok végül nem tudtak Budapestre jönni. A nyilas érzelmű Jászay Ferenc vezérkari őrnagy szabotálta Hardy rendelkezéseit, és elárulta őt a németeknek. Október 15-én a németek letartóztatták Hardyt, majd 16-án hajnalban elfoglalták a Budapestre vezényelt őrnaszádokat. Október 16-án a németek által elrabolt fiával megzsarolt kormányzó lemondott és átadta a hatalmat Szálasi Ferencnek és a nyilasoknak. Október 18-án az őrnaszádok személyzete felesküdött Szálasira. Hardyt 1945 februárjában halálra ítélték, de az ítéletet nem hajtották végre. A háború után Hardy az Egyesült Államokba költözött.
A meghiusult kiugrási kísérlet után a Folyamerők egységeit először október végén vetették be, a német haditengerészet dunai erőivel együtt. Az első alkalommal Bajáról vontattak el lőszeres uszályokat a szovjet csapatok tüzében. A gyenge páncélzatú őrnaszádok óriási hátrányban voltak a szovjet harckocsikkal és rohamlövegekkel szemben, így bevetésük igen kockázatos volt. Ez meg is mutatkozott 1944. november 25-én, amikor a DEBRECEN őrnaszád és a PM 1 a Tököl körzetében álló szovjet csapatok erős tüzébe került. A PM 1-et két találat érte, de csökkentett sebességgel vissza tudott vonulni. Ezt követően a szovjetek a DEBRECEN-t lőtték, amely kigyulladt, személyzetéből kilencen életüket vesztették. Az őrnaszád sodródó roncsa végül zátonyra futott. A Folyamerők és a német egységek december elejéig folytatták a Tököl elleni támadásokat. Ezt követően, mivel már küszöbön állt Budapest bekerítése, a hajókat Váctól északra vezényelték.
Miután decemberben részt vettek az Esztergom környéki harcokban, a Folyamerők egységei 28-án parancsot kaptak a Németországba való visszavonulásra. A következő hónapokban a hajókat nem vetették be, mivel a zajló, jeges Duna ezt lehetetlenné tette. 1945 áprilisától kezdve azonban a Duna Bécs és Linz közötti szakaszán minden nap bevetésre kerültek a szovjet csapatok ellen. Május 9-én az európai háború vége Linzben érte a Folyamerők egységeit.
A magyar királyi Folyamerők tisztikarának hazatért tagjaira nem várt túl jó világ Magyarországon. Szakértelmükre nem tartottak igényt, többeket bebörtöneztek, mások segédmunkánál jobb állást nem kaphattak. Nyugatra távozott kollégáik nagyobb megbecsülésben részesültek, többen, köztük Hardy, neves egyetemi tanárként vonultak nyugalomba. Az egykori Folyamerők egységeit az 1940-es évek végén német vállalkozók vették meg polgári célokra.